目前，新余市制定出台了《孔目江流域水生态补偿暂行办法》。
根据《办法》要求，考核因子暂定为化学需氧量、氨氮和总磷三个因子。孔目江流域内各乡镇考核断面出境水体中的化学需氧量、氨氮、总磷浓度低于污染物浓度控制指标时，不缴纳污染补偿资金。当乡镇考核断面出境水体中的化学需氧量、氨氮、总磷测量浓度高于污染物浓度控制指标时，由该乡镇向所在县区缴纳污染补偿资金，并上缴新余市财政局，纳入生态补偿资金使用。
新余市财政局整合上级生态保护补偿转移支付资金、水污染防治费、仙女湖湖泊保护经费及各乡镇上缴污染补偿资金等资金设立孔目江流域水生态补偿资金。生态补偿资金通过财政专项补助的方式下达至县区及乡镇，用于孔目江流域综合治理的减排工程、农村安全饮水工程和生态补偿项目。