浮游动物
    现有浮游动物(仅包括原生生物、轮虫、枝角类和桡足类四大类)46种，其中原生生物14种，隶属9科10属；轮虫18种，隶属10科14属；枝角类8种，隶属6科7属；桡足类5种，隶属4科5属。区内的原生动物大多数具有世界性分布的特点，但多属东洋界地理成分；轮虫和枝角类多属广温性种类；桡足类多为东洋种类。

昆 虫
    保护区共有昆虫10目63科227种，其中江西新纪录6种，其区系结构相当复杂，与世界各大界均有不同程度的联系，区系组成以东洋界和东洋、古北二界共有种为主体，形成古北、东洋两大区系交叉重叠现象。

软体动物
    整个鄱阳湖记录有软体动物42种，鄱阳湖自然保护区目前只记录到15种，其中腹足类10种，隶属3科7属；瓣鳃类5种，隶属3科4属。区内钉螺对群众健康不利，是日本血吸虫的中间宿主。

鱼 类
    鄱阳湖有着丰富的鱼类资源，共有鱼类21科122种，既有定居性的湖泊型鱼类，又有回游、半回游性的鱼类。其中，以鲤科鱼类最多，计65种53.3%,其次为鮠科、鳅科、银鱼科鱼类。产量较多、经济价值较高的有鲤、鲫、鳅、青、草、鲢、鳙等30多种。
鄱阳湖有记载的鲟科鱼类中华鲟、白鲟是国家一级保护动物；鲥鱼已被列入中国濒危动物红皮书中保护鱼类。

两栖爬行类
    鄱阳湖沿湖及丘陵地区共有两栖类13种，爬行类50种。

鸟 类
    保护区现有鸟类310种，隶属于17目55科，其中国家一级保护动物10种，二级保护动物40种，属于中日候鸟保护协定的鸟类有153种，占该协定中鸟类总数227种的67.4%；属于中澳候鸟保护协定的鸟类有47种，占该协中鸟类总数81种的58%。
    整个鄱阳湖地区越冬水禽主要分布在鄱阳湖自然保护区的九个湖泊中，海拔13.5－17米地带为候鸟最适宜栖息地。白鹤、白头鹤、白枕鹤、灰鹤、东方白鹳、黑鹳以及鹭类和鸻鹬类等涉禽，主要栖息在湖边、泥滩或浅水区域中。白头鹤、白枕鹤、灰鹤还经常到草洲上活动，东方白鹳也经常到收割过的农田中栖息。小天鹅、白额雁等雁鸭类水禽栖息于深水域中，但赤麻鸭比较特别，主要栖息在草滩或湖边的泥滩上。
    鄱阳湖国家级自然保护区越冬候鸟的最大特点是珍稀、濒危鸟类的种类多，数量也大。鄱阳湖国家级自然保护区是世界上最重要的白鹤、东方白鹳、鸿雁越冬地，每年到鄱阳湖国家级自然保护区越冬的白鹤最少近1000只，最多达3100只，近年每年来鄱阳湖国家级自然保护区越冬的东方白鹳也在1000只以上，最高达1873只，鸿雁上万只，最高达4万多只。鄱阳湖国家级自然保护区还是大鸨、黑鹳、小天鹅、白额雁、白琵鹭的重要越冬地。

哺乳类
    据不完全调查，整个鄱阳湖地区有兽类45种，保护区有31种。有河麂、穿山甲、江豚、小灵猫等4种国家二级保护动物。