鄱阳湖保护区共有鸟类310种，其中被我国政府列为一级保护的有白鹤、白头鹤、丹顶鹤、白鹳、黑鹳、大鸨、中华秋沙鸭、遗鸥、白尾海雕、白肩雕和金雕等11种；二级保护的有白枕鹤、灰鹤、天鹅、鹈鹕、鸳鸯等40种。有153种鸟类是中国政府和日本政府签订的中日候鸟保护协定中规定保护的鸟类，占该协定中保护鸟类总数227种的67.4%，有47种鸟类是中国政府和澳大利亚政府签订的中澳候鸟保护协定中规定保护的鸟类，占该协定中保护鸟类总数81种的58%；还有13种鸟类被国际鸟类保护会列为国际性濒危鸟类。在鄱阳湖保护区越冬的鸟类不但种类多，而且珍禽多,是名符其实的珍禽王国，候鸟乐园。

    每年的10月至次年的4月，来鄱阳湖越冬的水禽候鸟最高数量达到100万只，是亚洲最大的候鸟越冬地。"鄱湖鸟，知多少？飞时不见云和日，落时遮尽湖过草"就是对鄱阳湖壮观鸟群的真实写照。

    白鹤自1980年被发现以来，数量逐年增加。由80年的91只增加到2002年的4000余只，占全世界白鹤总数的98%。绵延数公里的白鹤越冬群体，气势如宏，蔚然壮观。
   国际鹤类基金会（ICF）原主席乔治·阿基堡德博士曾先后五次考察鄱阳湖白鹤，称赞这里的白鹤是“硕大的金库”“中国第二长城”。

    白鹤（GRUSLEUCOGERAMUS）又称西伯利亚鹤、黑袖鹤。在俄罗斯西伯利亚的冻原地带繁殖，分东部和西部两个种群，西部种群约10余只，在伊朗和印度越冬；东部种群3000只左右，主要在鄱阳湖越冬，在鄱阳湖最高越冬数量达到了4000多只，占全球白鹤总数的98%。
    在鄱阳湖越冬的东方白鹳（CIXONIABOYCIANA）最高数量达2017只，约占全球东方白鹳总数的80%。
    在鄱阳湖越冬的白枕鹤（GRUSVIPIO）最高数量达3700多只，约占全球白枕鹤总数的60%以上。
    在鄱阳湖越冬的鸿雁（ANSERCYGNOIDES）群体数量达到60000只以上，是世界上最大的鸿雁越冬群体所在地。

    鸻鹬类是目前世界上南北迁徙路线最长的鸟类。每年的春季这些鸟类都从南半球的澳大利亚境内开始北迁，大约在4月初从中国的南部边界进入我国境内，并于5月中旬从中国的北部边境经蒙古进入俄罗斯境内进行繁殖，并于秋季经中国等地返回澳大利亚，这种南来北往的长距离迁徙活动每年都要进行两次。这种长距离迁徙的鸟类在鄱阳湖保护区内有47种，数量达几万只。
    在这些迁徙涉禽中，有3种鸟类的数量分别超过了该种种群数量的1%。分别是鹤鹬371（1%的标准为100)、林鹬1550（1%的标准为1000）和黑尾塍鹬3000（1%的标准为1100）。根据国际迁徙禽保护网络的规定：如在一个地区发现单种数量达到该种群总数1%的标准，则认定该湿地为迁徙水禽重要停歇地。