随着三峡大坝以及其他一些江河控水工程的建成，鄱阳湖、洞庭湖等一些与江河相吞吐的湖泊，由于枯水问题日益严重，不但沿湖地区的生产生活受到严重影响，而且原有的生态环境也被打破。尽管近几年来湖泊周边地区加大了治理力度，一些湖泊的水质已经好转，但是，由于水量减少，湖泊的自净能力下降，在一定程度上又抵消了治理效果。这些因江湖关系改变而出现的新情况、新问题，如果不抓紧研究解决，势必影响湖泊周边地区、湖泊流域以至毗邻区域经济社会的可持续发展和生态安全。
　　当前，一些地方已经开始积极想办法改变这种状况，有的提出要建一些平原水库，用于调节湖泊水量；有的计划在江湖交界处建一个大坝，汛期挡住洪水内侵，枯水期拦住湖水外流，使湖泊水位能够常年一直保持在一定的水平上。这种愿望是良好的，做法也可以理解。因为实施这样的工程是不得已而为之，确实在短期内能够减轻因湖泊缺水而给经济、生态以及群众生活带来的影响。但是，从全局、从长远来看，建拦湖大坝会引发另外一些问题，可能会导致更大范围、更为严重的生态灾难。
　　从江河湖泊水系以及生态系统的角度来讲，湖泊与江河、上游与下游地区是一个不可分割的整体，相互影响，互为依托；特别是大型湖泊，水面的消长、水质的优劣、生态环境的好坏，不仅仅对湖泊周边地区，而且对整个流域以及下游地区都会产生很大的影响。如果建一个拦湖大坝，势必进一步减少下游地区江河的水流量，降低江河水位，将会引发航运、生产、饮用水、生态等方面的一系列问题。现实中不乏这样的例子。例如，淮河流域现有水闸四五千座，这些闸坝割断了水系的连通性，导致淮河纳污能力大幅度下降。由于大多数闸坝在整个枯水期基本关闭，污染物得不到稀释，当汛期开闸泄洪时，极易造成突发污染事故。当然，我们可以根据江河水位的涨落进行调度，但是，由于存在利益问题和许多人为因素，必然会产生上下游地区之间的矛盾。
　　湖泊之所以难以治理，关键在于湖水的流动性差。拦湖大坝一旦建成，湖泊就会变成一个巨大的水库，必然大大削弱湖水的交换能力。长江水利委员会提供的三峡库区纳污能力和限制污染物排放总量计算结果表明，三峡库区水体的纳污能力随着三峡水库蓄水位升高而不断降低。蓄水前，三峡库区水体的自净能力较强，纳污能力大于现状污染物排放量，水质能够满足水功能区的相应要求。但随着蓄水位的增高，水流流速降低，水体自净能力下降，纳污能力变弱。三峡水库尚且如此，何况处于平原地带水量和流动性都比三峡水库差得远的湖泊？虽然湖泊在洪水期间可以开闸，确保江湖之间交换渠道畅通，但是，一年当中从秋到冬毕竟有好几个月湖水没有流动不能交换，加上江河上游建了许多大坝，湖泊的枯水期已经延长，一年到头，大部分时间湖泊都会处于被封闭的状态。由于污染物不能得到稀释，纳污能力、自净能力必然大幅度下降。同时，大坝还会妨碍鱼类等生物的活动，导致水生态系统的改变。多年以来，尽管各地投入巨资治理太湖、巢湖、滇池等湖泊，效果还不十分明显，既有污染物排放量仍然较大的原因，更有一个重要原因就是湖水交换能力太差；而洞庭湖、鄱阳湖等之所以能够保持较好的水质，一个重要的原因就是水量大，湖水流动交换快。
　　目前，我国水环境治理与保护面临的一个突出问题就是多头管理，各自为政，致使环境痼疾久治难愈。江河湖泊是生命的源泉、发展的根基，是国脉之所系、民生之所依，无论是开发利用还是治理保护都要从从全局着眼，从长远出发，不能仅考虑一个流域、一个区域的利益。同时，我们也要充分认识到，像鄱阳湖、洞庭湖等这样一些大型湖泊所存在的问题，不能仅靠地方来解决，因为像水量调度等很多问题是地方解决不了的，必须由国家从宏观层面、战略高度来统筹安排、协调解决。