根据安排，山江湖工程首先将开展环鄱阳湖资源综合考察，把整个鄱阳湖的家底摸清楚；完善鄱阳湖的生态监测系统，包括动态监测体系、定点观测体系、遥感体系和数据库；实施保护好“一湖清水”的技术工程。其次，建立鄱阳湖研究和合作平台，筹建鄱阳湖湖泊湿地综合研究（观测）站、鄱阳湖生态环境与资源研究重点实验室、鄱阳湖博物馆、鄱阳湖研究中心、鄱阳湖备灾中心、鄱阳湖资源环境动态监测网、鄱阳湖门户网站、中国生命湖泊网；建立由近千名中外专家组成的专家库，引进国际国内先进理念指导实践；积极开展环鄱阳湖生态经济区的科学研究，集成、示范、转化一批科技成果，用科技支撑和引领现代产业的发展。第三，通过软课题、重大（点）研究项目对鄱阳湖进行战略研究，并制定科学规划。第四，加强鄱阳湖建设与示范。第五，召开鄱阳湖论坛，集思广益，为省委省政府提供决策依据。